스텔라 여학원의 서바이벌부(C3부)의 이야기! 야마토 유라는 소심한 성격을 고쳐보려고 스텔라 여학원에 들어간다! 유라는 그곳에서 밀리터리 덕후 룸메이트 카시마 소노라를 만난다. 방 곳곳에 있는 밀리터리 용품들과 전쟁영화를 보고 밀리터리에 푹 빠져버린 유라! 유라는 소노라의 제안에 빠져 C3부에 들어가게 되는데... C3부에서의 활기차고 흥미진진한 이야기가 펼쳐진다!
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때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
