아키츠 마사노스케는 무사이지만 부끄러움이 많은 성격 때문에 무사 일을 하는데 어려움을 겪는다. 고향에서도 잘리고 일자리를 찾기 위해 애도로 올라와 낭인 생활을 하던 중 우연히 만난 야이치로에게 호위 일을 제안 받는다. 그런데 그 호위 일은 사실 고요라는 납치 전문조직을 경호하는 것이었다! 마사노스케는 이 사실을 알고 일을 그만두려고 하지만 금전적 어려움과 여러 사정들 때문에 일을 시작하게 되는데...
1995년 TV 애니메이션으로 시작해 열혈 마니아 층을 형성하며 지금까지도 꾸준한 인기를 누리고 있는 <신세기 에반게리온>의 새로운 극장판. 당시의 인기를 바탕으로 1997년 개봉된 극장판 애니메이션이 폭발적인 인기를 누리기는 했지만, 모호한 결말 때문에 논란을 불러일으키기도 했다. 그로부터 10년이 지난 2007년, 안노 히데아키는 제대로 된 결말을 보여주기 위해 신극장판 4부작을 기획하기에 이르렀고, <에반게리온 신극장판: 서>는 바로 그 첫 번째 작품이다. ‘세컨드 임팩트’의 충격으로 인류의 절반이 사망하는 참극을 겪은 뒤, 국제연합군과 사도의 전투에 휩쓸리게 된 열네 살 소년 신지는 특무기관 내르프에서 극비리에 개발 중인 인형병기 에반게리온의 파일럿이 되어 적 사도에 맞서 인류를 지키기 위한 전쟁에 나선다.