암반에 가로막힌 콜로니에서 인류가 살아가는 먼 미래. 그 밖에는 라비린스라 불리는 위험한 미개지대가 있었고 그곳을 개척하려는 자들은 마커로 불렸다. 마커를 지향하는 소녀 메멘프와 그의 아버지이자 전직 마커 가간바는 라비린스에게 도전하려 한다.
도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다