암반에 가로막힌 콜로니에서 인류가 살아가는 먼 미래. 그 밖에는 라비린스라 불리는 위험한 미개지대가 있었고 그곳을 개척하려는 자들은 마커로 불렸다. 마커를 지향하는 소녀 메멘프와 그의 아버지이자 전직 마커 가간바는 라비린스에게 도전하려 한다.
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도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다