블랙 기업에서 과로사한 주인공 '사토 료타'는 이세계에 전이해,레벨이 1에 고정되는 불우한 처지에 몰린다. 레벨이 오르지 않는 한편, 몬스터로부터 이세계에 존재하지 않아야 할 치트아이템을 드롭 한다고 하는, 그만의 유니크 스킬을 갖고 있었다. 그것을 안 그는 능력 업 아이템으로 스테이터스 MAX가 되어, 더욱 자신 밖에 사용할 수 없는 무기나 아이템의 갖가지를 가지런히 하여 레벨 1인 채 능력도 장비도 최강이 되어 갔다.
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
