그것은 황도 5구의 한쪽 구석에 있는 외딴 찻집. 거기서 일하는 것은 기술의 정수를 결집한 자율식기계인형(오토마타) 소녀들. 겨우 수년 전 종결된 대전쟁. 그때 병기로 제작된 소녀들. 마침내 맞이한 전후의 평화. 신품 동료에게 수복되어, 반짝반짝한 기모노로 몸을 두르고, 그리고 자신들이 태어난 의미를 찾아간다. 당신들도 소녀들과 멋진 한때를 보내 보시겠습니까?
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다