수영부원 쿄우는 우연히 다이빙대에 서있는 의문의 소녀 시즈노를 보고 그녀에게 수영부 가입을 권유한다. 하지만 그녀는 홀연히 사라져버리는데... 시즈노를 다시 만난 쿄우는 폐부될 위기에 놓인 수영부 홍보를 위해 PR영상에 출연해달라고 부탁한다. 하지만 그녀는 영상에 출연하는 조건으로 쿄우에게 한가지 제안을 하고, 이에 쿄우는 알 수 없는 전투에 거대로봇 제가페인과 함께 참여하게 되는데...
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
