게임의 역사, 그것은 지금으로부터 5천년 전, 고대 이집트까지 거슬러 올라간다. 고대에 행해진 게임은 인간이나 왕의 미래를 예언하고 운명을 결정하는 마술적인 의식이었다. 그것들은 '어둠의 게임'이라 불렀다. 그리고, 지금 천년 퍼즐을 풀고 어둠의 게임을 계승한 소년이 있었으니... 빛과 어둠, 두 개의 마음을 가진 소년. 사람들은 그를 유희왕이라 부른다....
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.