같은 반 미소녀 나츠카와 아이카에게 애타는 사죠 와타루는, 그녀와 서로 좋아하길 꿈꾸며 굴하지 않고 접근하고 있었다. 그러나 어느 날 갑자기 꿈은 깨진다. 「저런 그림의 떡과 나는 어울리지 않아……?」 현실을 보고 적절한 거리를 취하려고 하는 와타루의 반응에 아이카는 멍한 표정. 「혹시, 나, 미움받았어……?」 착각 끝에 초조하고 당황하는 그녀로부터 무자각한 호의가 보였다!? 양 짝사랑의 엇갈림으로 민절 필지의 청춘 러브 코미디, 개막!
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
