남쪽 정부와 북쪽 정부로 나뉘어 싸우고 있는 어느 세계, 센탄 도에서 평범한 일상을 살던 주인공 타케하라 아키유키에겐 전쟁은 그저 먼 세계의 이야기일뿐이였다. 그저 친구들과 즐겁게 웃고 떠들며, 별거한 아버지에게 어머니의 도시락을 배달해주는 그런 일상을 즐기고 있었다.하지만, 아키유키가 버스표가 없어 쩔쩔 매던 나즈나를 도와주던 그 날, 그의 일상은 풍비박산이 나게 된다. 나즈나가 폭탄 테러를 저지른 뒤 아키유키에게
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
그 이름이 입에 오르내리던 것은 이미 오래 전부터의 일. 올랑드 박사가 사람의 목소리를 받아적는 기계를 만들었다. 처음엔 사랑하는 아내를 위해 만들었던 기계였지만 언제부턴가 세계에 보급되고 그것을 대출·제공하는 기관도 생겼다. 「고객님이 원하신다면 어디든 달려가겠습니다. 자동 수기 인형 서비스 바이올렛 에버가든입니다.」 이야기책에서 튀어나온 것 같은 모습에 금발 벽안을 가진 여자는 무기질의 아름다움 그대로 영롱한 목소리로 그렇게 말했다.