나, 히이라기 우테나는 마법소녀를 정말 좋아하는 지극히 평범한 중학생☆어느 날, 변신능력을 줄 것 같은 마스코트 같은 녀석을 만나고 이상한 마법에 걸렸어!이제 나도 마법소녀가 될 거라고 생각했는데응? 이 모습은 뭐야?악의 조직 여간부라니 무슨 소리야!?앞으로 난 어떻게 되는 거냐구~~~~~!!?마법소녀 팬인 마음씨 착한 내성적인 소녀가 가학적으로 대변신!!?정의와 악의 격렬한 SM 플레이(!?) 시작입니다!!
도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다