나, 히이라기 우테나는 마법소녀를 정말 좋아하는 지극히 평범한 중학생☆어느 날, 변신능력을 줄 것 같은 마스코트 같은 녀석을 만나고 이상한 마법에 걸렸어!이제 나도 마법소녀가 될 거라고 생각했는데응? 이 모습은 뭐야?악의 조직 여간부라니 무슨 소리야!?앞으로 난 어떻게 되는 거냐구~~~~~!!?마법소녀 팬인 마음씨 착한 내성적인 소녀가 가학적으로 대변신!!?정의와 악의 격렬한 SM 플레이(!?) 시작입니다!!
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
도쿄에 사는 소년 '타키'와 시골에 사는 소녀 '미츠하'는 서로의 몸이 뒤바뀌는 신기한 꿈을 꾼다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들. . 반복되는 꿈과 흘러가는 시간 속, 마침내 깨닫는다
