일족으로부터 탈출해 미국 시골로 숨어든 전직 닌자 조 히간은 암살자들의 기습을 받는다. 조의 가족들도 배신에 대한 대가로 살해달한다. 살아남은 조는 가족과 친구들의 복수를 위해 닌자 카무이로 돌아가 자신을 만든 일족을 무너무너트리기로 결심한다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
