1863년, 교토. 상냥하고 솔직하지만 마음속에서 정의를 불태우는 소년 「니오」. 미움받는 자의 집단·미부로의 히지카타 토시조, 오키타 소지와 만난 것을 계기로, 소년의 격동의 푸른 봄이 막을 올린다.
그 날 카라쿠라 마을에는 처음으로 이변이 일어났다. 정체를 알 수 없는 생물체 '블랑크' 무리가 마을을 떠돌기 시작한 것이다. 이변에 대해 조사를 시작한 사신대행 쿠로사키 이치고와 쿠치키 루키아. 그런 그들 앞에 참백도 미륵환을 든 수수께끼의 소녀 센나가 나타난다. 소속부대를 비롯해 자신에 대해서는 어떠한 이야기도 하려하지 않는 센나의 정체는 베일에 가려진 채였다.
