어느 마을에 살고 있는 평범한 초등학생인 난다바 나오타(6학년)는 어머니가 안 계신채 아버지와 할아버지만 있는 가정의 남자아이이다. 평범한 학교 친구들, 그리고 미국으로 유학간 형의 애인인 마미미의 묘한 육탄공세 속에서 평범하게 살고 있었다. 그러던 어느날 갑작스레 스쿠터를 타고 다니는 여자에게 치여버린 후로 머리에서 로봇이 나온다거나 뿔이 솟아난다거나 하늘에서 위성폭탄이 떨어지거나 하는 정신없는 사건들이 벌어지게 되는데...
사토시와 그의 친구들은 라루스로 여행을 가서 4년 전에 일어난 사건 때문에 포켓몬을 무서워하는 Tooi라는 소년을 만난다. 한편 우주에서 온 포켓몬인 덕시스가 다시 나타나 도시 주변에 장벽을 두르고 사람들을 납치하고 있다. 대기권에 사는 포켓몬 레이콰자가 싸우러 온다.
불량한 중학생 유스케는 여느때와 마찬가지로 여자친구인 케이코의 핀잔을 들으며 등교한 뒤, 그새를 참지 못하고 중간에 학교를 빠져나온다. 우연히 길에서 놀던 아이를 보고 주의를 주던 유스케는 아이가 사고를 당할 위기에 처하자 직접 뛰어들어 아이를 구한다. 이 일로 인해 목숨을 잃은 유스케. 그러나 염라대왕 jr로부터 환생을 약속받은 그는 영계 탐정으로서의 사명을 띄고 다시 한번 활약하게 된다......
고등학생 마코토 미스미는 영웅이 되기 위해 츠쿠요미 신으로부터 환상의 세계로 불려간다. 그러나, 이 세상의 힘센 다른 사람들은 그가 그곳에 있는 것을 기뻐하지 않고, 츠쿠요미가 자신의 길을 찾기 위해 마코토를 떠나야 한다고 선언하는 것처럼 그를 세상의 가장자리로 차버린다. 이제 자신의 길을 찾는 것은 마코토에게 달렸어!
대학생 타이치와 다른 선택받은 아이들은 모두 각자의 자리에서 저마다의 삶을 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 전 세계의 '선택받은 아이들'에게 의문의 사건이 일어나기 시작한다. 에오스몬이라 불리는 디지몬에 그 원인이 있음을 알게 된 타이치 일동은 에오스몬을 제압하려 하지만 이내 아구몬을 비롯한 디지몬들의 진화에 문제가 발생하는데… 세상의 이변에서 다시 한 번 친구들을 구할 수 있을까?......
[설명하지!] 세계평화를 목표로 하는히어로전대 [젤라토5]의 리더 아이카와 후도와 세계정복을 도모하는 비밀결사 [겟코]의 전투원 리더, 마가하라 데스미…두 사람 사이에는 조직의 벽을 넘은 깊은
