외딴 산골에서 할아버지에게 사냥을 배워 솜씨 좋은 사냥꾼으로 성장하고 있는 소녀 하마지. 무사가 되겠다면서 일찌감치 산골을 떠나 수도인 에도에서 살고 있는 오빠 도세츠. 할아버지마저 돌아가신 뒤 혼자가 된 여동생의 소식을 전해 듣고, 자기가 보살펴줄 테니 에도로 오라고 편지를 보낸다. 도세츠의 집을 찾아 에도를 헤매던 중, 하마지는 죽은 개의 목이 즐비하게 놓여져 있는 광경에 충격을 받는다. 에도의 군주가 현상금을 걸어 인간(人)과 개(犬)의 혈통을 이어받은 '후세(伏)'를 사냥하게 한 뒤, 전리품으로 전시해 놓은 것이었다. 우연히 거리에서 만난 백발소년 시노의 도움으로 오빠를 무사히 만나게 된 하마지는 사냥꾼의 본능으로 후세를 쫓는다. 그리고 마침내 시노가 마지막 남은 후세라는 사실을 알게 되는데...
거대한 우주, 새로운 전투의 시작. 당신의 심장이 다시 뛰기 시작한다. 대재앙 ‘니어 서드임팩트’가 일어난 후 14년. 에바 초호기와 함께 동결상태에 들어갔던 세 번째 아이 ‘신지’가 마침내 눈을 뜬다. 그의 기억이 멈춘 사이 세계는 ‘네르프’와 반네르프 단체 ‘뷔레’가 격돌하는 새로운 국면에 접어들어 있다. 맞서 싸울 수 밖에 없는 운명의 아이들. 그들 앞에 완전히 새로운 세계가 펼쳐지기 시작한다.
마침내 눈을 뜬 케르디오의 숨겨진 힘 최강의 상대와의 모든 것을 초월한 배틀이 시작된다! 포켓몬 마스터를 목표로 하나지방을 여행하고 있는 지우와 피카츄, 그리고 아이리스와 덴트는 기차를 타고 가던 중 지금껏 단 한번도 본 적이 없는 포켓몬이 상처를 입고 쓰러져 있는 것을 발견한다. 그 포켓몬은 포켓몬과 세계를 지키는 3마리의 ‘성검사’ (코바르온, 테라키온 비리디온)의 후계자인 어린 검사 ‘케르디오’! 지우 일행은 케르디오가 지상 최강의 드래곤 포켓몬인 ‘큐레무’를 상대로 엄청난 행동을 저질러 성검사들이 큰 위험에 처해있다는 것을 알게 되고, 그들을 구하기 위해 케르디오와 함께 길을 떠난다! 한편, 큐레무는 블랙큐레무와 화이트큐레무로 모습을 바꿔가며 상상을 초월하는 엄청난 힘으로 케르디오와 지우 일행을 계속해서 공격해오는데…… 과연, 케르디오와 지우 일행은 큐레무의 공격을 이겨내고 성검사들을 무사히 구해낼 수 있을 것인 것인가?!
