가마쿠라 시대의 일본. '미나모토노 요시츠네'는 형인 '미나모토노 요리토모로'부터 도망쳐 산 속의 외딴 집으로 숨어들어간다. 이 집의 주인은 '쿠로미츠'라는 한 아름다운 여인. 언제부터인지 '요시츠네'와 '쿠로미츠'는 남녀의 관계를 맺는다. 그러나 쿠로미츠에겐 무서운 비밀이 숨겨져있었으니, 그것은 바로 그녀가 불로불사의 흡혈귀였다는 것!...

2199년, 가밀리스와 평화 협정을 맺은 야마토는 코스모리버스 시스템을 받아 지구로 귀환하고 있다. 하지만 지구로 돌아가던 그들 앞에 갑자기 의문의 함대가 나타나는데...! 

성스러운 문 「디바인 게이트」는 열렸다. 서력(西曆)은 성력(聖曆)으로, 하나의 문은 시대를 바꿨다. 혼란이 찾아온 이 세계에 인간, 요정, 악마, 짐승, 기계, 드래곤, 다수의 종족에 의한 다수의 생각이 교차한다. 모두가 성스러운 문에 숨겨진 진실을 쫓아서.  자, 열려진 문의 저편으로.

아란다스 연합왕국과 잉겔미아 다국 제국연합체 사이에 건설되어 있는 그레이트 월. 과거의 전쟁 때문에 생긴 기상이변으로 인해 날아다닐 수 없게 된 세계에서 그레이트 월은 오랜 시간동안 계속되온 두 국가의 싸움을 막아주고 있었다. 하지만 그레이트 월이 무너지기 시작하고 전쟁은 다시 커지는데...

태양계 멸망 이후 천년, 인류는 시도니아라는 인공 방주를 타고 우주를 떠돈다. 하지만 시도니아를 노리는 우주 생명체 '가우나'에게 매일 생존의 위협을 받고 있다. 어느날 지하 세계에서 할아버지와 살고 있던 타니카제 나카테가 쌀을 훔치기 위해 지상으로 나온다. 붙잡혀 취조를 받게 된 그에게 신변 보호를 자처하는 사람이 나타나게 되고, 그는 모리토 조종사가 된다. 첫 출전에 '츠구모리'라는 기체에 타게 되면서 이목을 끌게 된 타니카제는 몇번의 출전을 통해 정식 조종사로 임명 받는다. 그리고 이에 자극을 받은 조종사 '쿠나토'는 그를 위험에 빠뜨리기 위한 어떤 계략을 준비하게 된다.

가우나라는 미지의 생물체에 의해 지구가 멸망하였다.  몇명의 인류만 생존하여 우주선 시도니아를 타고 가우나를 피해 새로운 행성으로 도망치고 있었다. 그리고 시도니아의 인간형 병기 모리토를 조종하는 파일럿들은 가우나와 인류의 미래를 걸고 사투를 벌인다. 타니카제 나가테는 시도니아의 깊은 지하에서 할아버지와 살고 있었다. 할아버지는 사망했고, 먹을 음식마저 떨어져서 지상으로 나오게 된다. 우여곡절 끝에 그는 함장의 지시로 모리토의 파일럿이 된다. 그리고 자원 채굴을 위해 처음으로 출격한 타니카제의 앞에 100년 만에 가우나가 다시 나타나는데......