단 하나의 메스로 기적을 낳는 천재외과의 블랙잭에게 사상 최대의 위기가 닥쳐온다! 어느 날 빌딩 폭발 사건이 발생한다. 경찰은 과격단체의 소행으로 규정짓고 사고를 조사 중이지만, 실제로 이 모든 사고는 다이다루스 그룹의 회장의 소행이다. 회장은 사탄이라는 세균을 유포시켜 전 세계를 공포에 떨게 만들고 아울러 동시에 백신 사업을 통해 어마어마한 부를 축적하고자 하는 계획하에 이 모든 것을 주도하였다. 하지만 백신을 개발한 동료는 백신과 함께 이 사업의 위험성을 감지하고 죽어 버렸으며 백신을 개발하기 위해 외딴섬에 사람을 들여놓고 임상 실험을 하게 된다. 하지만 회장을 자기의 후원 교수로 알고 백신을 개발하던 로크의 여자친구가 감염이 되어 블랙잭을 납치한 후 여자 친구를 구하고자 하던 중 블랙잭도 이 사건에 휘말리게 되고, 또한 죽음의 의사인 블랙잭 키리코 역시 이 섬에 초대된다. 한편 후원 교수가 다이다루스 그룹의 회장임을 알게 된 로크는 회장 일당과 목숨을 건 사투를 벌이는데...

아직 어렸던 그 날  아네모네의 아버지 켄은 어린 그녀를 남기고 전쟁에 나갔고, 그리고 돌아오지 않았다. 제대로 된 이별 인사도 하지 못한 아네모네의 작은 가슴에 깊은 후회를 남기고...  7년이 지나고 아네모네는 아버지가 죽은 전장, 도쿄에 있었다. 인류의 적인 7번째 유레카 = 유레카 세븐에 맞서기 위한 조직, 아시드의 일원으로서 인류의 희망을 짊어진 아네모네는 유레카 세븐의 내부로 침입한다.  아네모네가 유레카 세븐의 안에서 만난 건 도미니크라는 청년과 유레카라는 푸른 머리카락의 소녀. 이 만남이 의미하는 것은 무엇인가? 그리고 언뜻 스쳐 지나가는 랜턴이라는 이름을 가진 소년의 모습...  아시드에 잡혀있던 수수께끼의 남자, 듀이는 예언한다. 

무너진 도쿄, 그리고 비밀리에 진행되는 의문의 프로젝트! 제3차 세계대전 이후 붕괴된 도쿄   그곳에 새로 건설된 혼란스러운 도시 ‘네오도쿄’      오토바이를 몰며 폭주를 일삼던 소년 ‘카네다’는   친구 ‘테츠오’가 예상치 못한 사고를 당하며   정부의 비밀 프로젝트 실험체가 되었음을 알게 되는데???

애완동물 가게 주인의 딸 치카 도코로자와는 깨어 있는 시간마다 그녀의 개 린 틴과 함께 시간을 보내는데, 린 틴은 그녀가 잠든 동안 그녀를 지켜보며 사랑을 갚는다. 미스터 시네마로 만화계에 더 잘 알려진 오츠보 마키의 영 선데이 잡지에 실린 만화를 바탕으로 하고 있다.

1931년 중국 상하이. 청일전쟁과 러일전쟁 그리고 1차 세계대전을 거치며 중국 대륙까지 들어간 일본 육군 속에는 아무도 모르는 기관이 하나 존재한다. 그 이름하여 '사쿠라이 기관'. 드러나지 않는 특수 스파이 조직인 '사쿠라이 기관'은 대륙의 이권을 둔 강대국과의 싸움의 그림자 속에서 활약하고 있었다.  그러던 어느날 이 모든 것을 바꿀 사건이 하나 일어난다. 바로 일본의 육군 부대 중 하나가 통째로 사라져버린 것. 그리고 이는 모든 세계를 뒤흔드는데....