지온 공국군과 지구연방군의 1년 전쟁이 종결된 지 7년 후인 우주세기 0086년, 지구연방군에는 어스노이드 집단이자 자미토프 하이만을 중심으로 한 군사 집단인 '티탄즈'가 실권을 장악한다. '티탄즈'는 그들의 힘을 앞세워 수많은 잔혹 행위를 저지르며 스페이스 노이드를 탄압하고, 이를 저지하기 위해 지구연방군 내 스페이스 노이드를 중심으로 한 반티탄즈 조직인 'A.E.U.G', '에우고'가 등장한다.
먼 미래 우주세기 ‘정력’. 우주세기에서 일어나는 전쟁은 밝혀지지 않는 역사의 일부분으로 잠겨있었다. 달의 여왕 디아나 소렐은 지구로 귀환하기 원했고, 지구에 선발파견조사대로 소년, 소녀들을 보낸다. 로랑 세아크는 달의 민족 문 레이스와 지구인들의 평화를 바라고 있었다. 그는 선발파견조사대로 선택되어 지구로 향한다.