샤아의 반란 후 12년, 지구를 사유화 하려는 부패한 지구연방정부와 이들에 맞서는 무장 조직 마프티의 대결을 그린 애니메이션
지구를 파괴한 미지의 생명체 '가우나'와 거대 우주선 '시도니아'에 탑승한 생존 인류의 사투를 그린 애니메이션 영화
에우레카가 만들어낸 스카브 코랄 안의 가상 세계. 그 붕괴와 함께 가상세계 사람들이 이 지구에 모습을 보여 10년이 지났다. 이 '대융합'의 결과 가상 세계 인류는 '그린 어스'를, 기존의의 지구 인류는 '블루 어스'를 자칭해 수면 아래에서 다양한 충돌을 반복하게 되었다. 그리고 그린 어스군의 고관 듀이 노바크는 자신들의 존엄을 지키기 위해 동료들과 함께 결기해 대규모 테러 계획을 마침내 실행으로 옮긴다...
네오 베네치아 거리가 낙엽으로 물드는 가을. 아테나는 후배 아리스가 자신과의 만남을 피하고 있다는 느낌을 받고 고민에 빠져 있다. 이에 오렌지 플래닛의 아냐를 중심으로 아리아 컴퍼니와 히메야 지점의 운디네들은 아테나와 아리스, 두 사람의 만남을 성사시킬 수 있는 방법을 찾기로 하는데...
