위험천만한 아카이 일가, 대집결! 그들이 모두 모일 때, 운명은 뒤바뀐다! 전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다. 시속 1,000km로 질주하는 진공 초전도 리니어, 범인과의 목숨을 건 마지막 결판이 펼쳐진다!
그 정체는 수수께끼에 싸여, 각자 복잡하게 서로 얽혀있는 위험한 일가 아카이 패밀리. 라이하 고개에서 사망했다고 여겨졌던 아카이 슈이치를 중심으로 풀어지는 세라 마스미, 하네다 슈키치, 메리의 관계성. 라이하 고개에서 화려한 부활을 한 아카이 슈이치. 아카이 슈이치와 오키야 스바루의 관계를 추궁하는 아무로 토오루. 그리고 일련의 '부재 증명극' 진상의 배후에는, 코난의 모습이—.
샤아의 반란 후 12년, 지구를 사유화 하려는 부패한 지구연방정부와 이들에 맞서는 무장 조직 마프티의 대결을 그린 애니메이션
에우레카가 만들어낸 스카브 코랄 안의 가상 세계. 그 붕괴와 함께 가상세계 사람들이 이 지구에 모습을 보여 10년이 지났다. 이 '대융합'의 결과 가상 세계 인류는 '그린 어스'를, 기존의의 지구 인류는 '블루 어스'를 자칭해 수면 아래에서 다양한 충돌을 반복하게 되었다. 그리고 그린 어스군의 고관 듀이 노바크는 자신들의 존엄을 지키기 위해 동료들과 함께 결기해 대규모 테러 계획을 마침내 실행으로 옮긴다...
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