지온 공국군과 지구연방군의 1년 전쟁이 종결된 지 7년 후인 우주세기 0086년, 지구연방군에는 어스노이드 집단이자 자미토프 하이만을 중심으로 한 군사 집단인 '티탄즈'가 실권을 장악한다. '티탄즈'는 그들의 힘을 앞세워 수많은 잔혹 행위를 저지르며 스페이스 노이드를 탄압하고, 이를 저지하기 위해 지구연방군 내 스페이스 노이드를 중심으로 한 반티탄즈 조직인 'A.E.U.G', '에우고'가 등장한다.
변방의 미개척 행성, 지표의 대부분이 사막인 이 행성은 과거의 유물인 아법기동로를 사용하고 있었다. 한편 우주에서는 제국과 레지스탕스의 싸움이 진행중이었고, 제국의 파파챠아리노 나나단은, 레지스탕스의 키네 아쿠아를 쫓던중 그녀를 놓치고 만다. 그러나 그녀의 우주선은 사막의 행성으로 추락. 이때 그녀의 우주선에서 흘린 팬을 어느 마을의 소년이 잡았고, 사람들은 신기가 내려왔다고 받들게 된다. 아법을 사용하는 이 행성에서 원형의 링에 문장을 그릴 수 있는 팬은 일종의 선택받은 물건이나 마찬가지이기 때문에, 따라서 비싸게 거래된다. 아운 프레이야는 오늘도 존경하는 가수와의 생활 자금을 벌기 위해서 또 신기를 가지고 도주하고, 오늘도 그녀의 뒤처리를 담당하는 소년 포톤 어스는 싫어하면서도 열심히 아운을 쫓아가서 잡아 오고 있었다.
먼 미래 우주세기 ‘정력’. 우주세기에서 일어나는 전쟁은 밝혀지지 않는 역사의 일부분으로 잠겨있었다. 달의 여왕 디아나 소렐은 지구로 귀환하기 원했고, 지구에 선발파견조사대로 소년, 소녀들을 보낸다. 로랑 세아크는 달의 민족 문 레이스와 지구인들의 평화를 바라고 있었다. 그는 선발파견조사대로 선택되어 지구로 향한다.
