옛날 옛날, 아주 먼 곳에 두 나라가 있었다. 닿으면 저주를 받는다는 이형의 존재들이 사는 '바깥 나라'와, 인간이 사는 '안쪽나라'로 갈라진 세계. 저주받은 모습이 아닌데도 어찌된 일인지 바깥 나라에 살고 있는 한 ‘소녀’와 그 소녀를 보호하고 있는 저주에 걸린 형상의 ‘선생님’. 본래 만나서는 안 될 두 사람이 만났을 때, 작은 이야기가 조용히 움직이기 시작한다.
평범한 사람들이 무시를 볼 수 있다는 소문이 도는 희귀한 일식을 보기 위해 시골 전체가 한낮에 멈춰 선다. 시선을 피할 수 없는 공기는 경외심과 경이로움으로 가득 차 있지만, 무시를 아는 사람들은 일식의 여파를 준비하고 있다. 저주받은 리코더인 카리부사 타누의 예언을 바탕으로 무시시 은행고는 자신이 매우 불길한 농촌에 있다는 것을 알게 된다. 일식 직후, 이상한 검은 구름이 하늘에 모여들기 시작하고 태양을 다시 한 번 차단한다. 히하미로 알려진 무시의 소행으로 의심하며, 긴코는 이 마을을 영원한 어둠으로부터 해방시키려 한다. 그러나 마을 사람들 모두가 빛으로 돌아가기를 열망하는 것은 아닌 것 같다.
중학생 아사나가 슌은 어느날, 아버지의 가게에 있던 수정구슬을 만지게 되어 지구의 반대편에 존재하는 이세계 엔도라에 날려지게 된다. 그 무렵, 엔도라에서는 어느 이유로 현 국왕인 델자인에 미움을 품은 왕자 에밀리오가 복수를 하려 했으나 역으로 붙잡혀 감옥에 갇혀 있었다. 그 감옥에 갑자기 등장한 슌은 에밀리오와 운명의 만남을 가진다.
불량학생인 오카자키 토모야는 어느날 학교 언덕길에서 후루카와 나기사라는 여학생과 만나게 된다. 토모야는 나기사와 여러가지 일을 겪게 되는데...
300년 후의 미래. 유전자 변이를 일으킨 식물들이 생각을 할 수 있게 되고, 숲은 사람들을 습격하게 된다. 숲과 인간이 공생하고자 마련한 중립도시에 살고 있는 아기토는 접근금지 구역인 샘의 바닥에서 300년 전부터 잠들어 있는 소녀를 만나게 된다. 이 소녀는 인간 문명 사회를 구할 열쇠를 쥐고 있는데...
