화려하게 데뷔한 Over The Rainbow의 히로, 코우지, 카즈키는 순식간에 여성들의 마음을 사로 잡으며 단숨에 프리즘 계의 정점에 올랐다. 에델로즈에는 그들을 동경하는 신입생들이 속속 입학했지만, 갑자기
성스러운 문 「디바인 게이트」는 열렸다. 서력(西曆)은 성력(聖曆)으로, 하나의 문은 시대를 바꿨다. 혼란이 찾아온 이 세계에 인간, 요정, 악마, 짐승, 기계, 드래곤, 다수의 종족에 의한 다수의 생각이 교차한다. 모두가 성스러운 문에 숨겨진 진실을 쫓아서. 자, 열려진 문의 저편으로.
60년 전, 어떻게 할 수 없을 정도의 불면증이 세계를 덮친다. 잘 수 없게 된 사람들의 정신은 서서히 병들어가 자살, 중대한 폭력사건이 빈발, 큰 사회문제가 되었다. 신약이 개발되어 그 불면증은 일단 사그라드는 듯 보였으나 그 약에는 부작용이 있어, 20억인이 발병. 기혈종이라는 새로운 생명체가 태어나게 된다. 그리고 기혈종과 인간의 암투가 발발, 인류는 승리를 거뒀지만, 기혈종의 잔당은 아직 이 세계에 존재하고 있다.
2030년대, 탐정인 아케치 코고로를 중심으로 모인 소년 탐정단이 그들의 특별한 능력으로 사건들을 해결해나가고 있었다. 어느날, 탐정단의 일원인 하나사키 켄스케는 의문의 소년인 코바야시 요시오와 만나게 된다. 코바야시는 '수수께끼의 안개'에 의해 죽지 않는 몸이 되어 버려 다른 사람과의 만남을 꺼려하고 있는 소년이다. 하나사키는 그런 그에게 관심을 보이며 소년탐정단에 들어올 것을 권유한다. 그 둘의 만남은 세기의 범죄자인 괴인 20면상과 얽히게 되고 또 아케치 코고로와도 인연을 맺게 되는데......
