축구를 좋아하는 오오타 쇼우가 자신의 팀인 모모야마 프레데타 6학년 팀이 해산위기에 처하자 동료들을 모으면서 이야기가 시작된다. 동인쪽에서는 다른 세계의 축구 애니와 마찬가지로 쇼타콘들에게 지지를 받고 있다.
일 년 전, 교통사고로 아버지를 잃은 초등학교 6 학년 ‘유타’는 이번 여름방학도 아버지와 함께 갔던 시골에 찾아간다. 하지만 댐이 건설되어 마을은 물에 잠겨 사라진 지 오래. 딱정벌레를 잡으려고 산 속을 헤매던 중, 유타는 이상한 할아버지를 만나게 된다. 할아버지가 사라진 뒤, 갑자기 폭우가 내리고 유타는 그만 급류에 휩쓸려 정신을 잃고 만다. 그리고 깨어났을 때 눈 앞에 ‘사에코’라는 여자아이와 마주하게 된다. 사에코를 집에 데려다 주려고 산 밑을 내려다 보는 순간, 없어졌던 마을이 눈 앞에 펼쳐진다. 30년 전으로 시간여행을 하게 된 것. 혼자 계신 어머니가 걱정되지만 이곳에서 여름방학을 보내야 하는 어쩔 수 없는 마법에 걸려 버린다. 사에코는 유타를 사촌오빠로 여기고 마을 친구 켄조와 함께 여름방학 한달 동안 과거의 시골 마을에서 생활을 한다....
성력 0044년 엔터테인먼트가 완전히 금지된 랑카스타에 AKB0048은 라이브를 개시한다. 이 공연 덕분에 예능에 대한 금지가 조금이나마 해제되기 시작하는 성력 0048년, 4년 전 라이브를 생생하게 기억하는 소녀 세명이 AKB0048 제77기 연구생 오디션 1차 심사에 합격한다. 새로운 스타가 되기 위해 선택된 제77기 연구생을 중심으로 한 이야기가 지금 막 시작되려 하고 있다.