1910년대. 육군 직속・세이호 중학교에 다니고 있는 이와모토 코도는군의 지시에 따라 전국 각지의 초자연현상을 조사하고 있었다.“검은 눈"이 내린다는 소문이 있는 마을에서 만난,특별한 힘을 가진 소년….능력을 병이라고 생각하는 소년에게 사용법을 알려준 이와모토는자신과의 공통점을 이야기하며 그에게 학원의 추천서를 건넨다──.찾아간 임무처에서는, 여러 괴이들이 이와모토를 기다리고 있다.그들의 시대를 풀어내는, 낭만기담 개막!
때는 세기말이라 불리는 1998년, 케론별에서는 지구 정복 계획을 세운 뒤 다섯 명의 소대원으로 구성된 선행 부대, 케로로 소대와 본대를 파견했다. 하지만 모종의 사고로 케로로 소대원들은 현지에서 뿔뿔이 흩어지게 됐고 소대의 대장이었던 케로로는 어느 가정집에 불시착하게 된다. 오늘도 등교 준비로 분주한 히나타 남매. 하지만 누나 나츠미는 일찌감치 교복까지 다 갈아입은 반면 동생 후유키는 아직도 꿈나라에 가 있었다. 이에 화가 난 그녀는 동생을 깨우기 위해 동생이 좋아하는 외계인이 있다고 소리친다. 그런데 그 말을 듣고 깨어난 후유키의 시선은 나츠미의 뒤를 향했고 고개를 돌린 나츠미 역시 경악했다. 멀쩡하던 벽지가 서서히 갈라지더니 정체 모를 초록개구리가 이상한 공까지 든 채로 서 있었기 때문이다.
