지온 공국군과 지구연방군의 1년 전쟁이 종결된 지 7년 후인 우주세기 0086년, 지구연방군에는 어스노이드 집단이자 자미토프 하이만을 중심으로 한 군사 집단인 '티탄즈'가 실권을 장악한다. '티탄즈'는 그들의 힘을 앞세워 수많은 잔혹 행위를 저지르며 스페이스 노이드를 탄압하고, 이를 저지하기 위해 지구연방군 내 스페이스 노이드를 중심으로 한 반티탄즈 조직인 'A.E.U.G', '에우고'가 등장한다.
게임의 역사, 그것은 지금으로부터 5천년 전, 고대 이집트까지 거슬러 올라간다. 고대에 행해진 게임은 인간이나 왕의 미래를 예언하고 운명을 결정하는 마술적인 의식이었다. 그것들은 '어둠의 게임'이라 불렀다. 그리고, 지금 천년 퍼즐을 풀고 어둠의 게임을 계승한 소년이 있었으니... 빛과 어둠, 두 개의 마음을 가진 소년. 사람들은 그를 유희왕이라 부른다....
